Barkoding DNA belimbing liar dan hubungan interspesifik marga Averrhoa berdasarkan daerah inti Internal Transcribed Spacer dan trnL-F

##plugins.themes.academic_pro.article.main##

Seni Kurnia Senjaya
Tri Yuni Indah Wulansari
Inggit Puji Astuti

Abstrak

Dua jenis belimbing liar (Averrhoa dolichocarpa Rugayah & Sunarti dan Averrhoa leucopetala Rugayah & Sunarti) telah dideskripsikan sebagai jenis baru pada tahun 2008. Penelitian lebih lanjut tentang pembungaan dan fenologi serta analisis fitokimia telah dilakukan terhadap kedua jenis tersebut. Namun demikian, belum ada data barkoding DNA yang tersedia untuk kedua jenis belimbing liar tersebut. Ketersediaan data barkoding DNA yang dapat diakses secara terbuka penting untuk tujuan identifikasi dan memahami hubungan interspesifik marga Averrhoa. Dalam penelitian ini, kami mengurutkan daerah inti Internal Transcribed Spacer (ITS) dan trnL-F. Kedua daerah ini dapat digunakan untuk membedakan kedua jenis belimbing liar dan membedakannya dari A. carambola dan A. bilimbi. Namun, kedua daerah penanda ini tidak bisa digunakan untuk membedakan A. carambola dari A. bilimbi. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa Averrhoa merupakan kelompok taksa yang monofiletik. Marka ITS dan trnL-F tidak dapat digunakan sebagai barkoding DNA untuk marga Averrhoa.

##plugins.themes.academic_pro.article.details##

Cara Mengutip
Senjaya SK, Wulansari TYI, Astuti IP. 2021. Barkoding DNA belimbing liar dan hubungan interspesifik marga Averrhoa berdasarkan daerah inti Internal Transcribed Spacer dan trnL-F. Buletin Kebun Raya 24(1): 42-50. https://doi.org/10.14203/bkr.v24i1.706

Referensi

  1. Aoki S, Ohi-toma T, Li P, Fu C, Murata J. 2017. Phylogenetic, cytological, and morphological comparisons of Oxalis subsect. Oxalis (Oxalidaceae) in East Asia. Phytotaxa 324(3): 266–278. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.324.3.3.
  2. Chen S, Yao H, Han J, Liu C, Song J, Shi L, Zhu Y. 2010. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. Plos One 5: e8613. https://doi.org/10.1371/ journal.pone. 0008613.
  3. Cocucci AA. 2004. Oxalidaceae. In: Kubitzki, K. (Ed.), The Families and Genera of Vascular Plants Volume VI. Springer-Verlag, Heidelberg, pp. 285–290.
  4. Edgar RC. 2004. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research 32: 1792–1797.
  5. Hutchinson J. 1959. The families of flowering plants, arranged according to a new system based on their probable phylogeny. 2 vols (2nd ed.). Macmillan. New York.
  6. Kapsah, Dorly, Astuti IP. 2016. Morfologi dan viabilitas polen pada dua spesies belimbing hutan (Averrhoa dolichocarpa dan A. leucopetala). Buletin Kebun Raya 19(2): 79–90.
  7. Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. 2018. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution 35(6): 1547–1549. https://doi.org/ 10.1093/molbev/msy096.
  8. Kurian A, Dev SA, Sreekumar VB, Muralidharan EM. 2020. The low copy nuclear region, RPB2 as a novel DNA barcode region for species identification in the rattan genus Calamus (Arecaceae). Physiology and Molecular Biology of Plants 26(9): 1875–1887. https://doi.org/10.1007/s12298-020-00864-5.
  9. Mangunah, Qayim I, Astuti IP. 2013. Fenologi dan dinamika kandungan klorofil pada perbungaan dua jenis belimbing hutan (Averrhoa dolicocarpa dan Averrhoa leucopetala). Buletin Kebun Raya 16 (2): 101–112
  10. Oberlander KC, Emshwiller E, Bellstedt DU, Dreyer LL. 2009. Molecular phylogenetics and evolution a model of bulb evolution in the eudicot genus Oxalis (Oxalidaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution 51(1): 54–63. https://doi.org/10.1016/ j.ympev.2008.11.022.
  11. Rugayah, Sunarti S. 2008. Two new wild species of Averrhoa (Oxalidaceae) from Indonesia. Reinwardtia 12(4): 325–331.
  12. Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, Robert V, Spouge JL, Levesque CA. 2012. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. PNAS 109: 6241–6246. https://doi.org/10.1073/pnas.1117018109.
  13. Stoeckle M. 2003. Taxonomy, DNA, and the barcode of life. Bioscience 53(9): 796–797.
  14. Sunarti S, Rugayah, Tihurua EF. 2008. Studi anatomi daun jenis-jenis Averrhoa di Indonesia untuk mempertegas status taksonominya. Berita Biologi 9(3): 253–257.
  15. Taberlet P, Gielly L, Pautou G, Bouvet J. 1991. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant Molecular Biology 17(5): 1105–1109.
  16. Vaio M, Gardner A, Speranza P, Emshwiller E, Guerra M. 2016. Phylogenetic and cytogenetic relationships among species of Oxalis section Articulatae (Oxalidaceae). Plant Systematics and Evolution 302: 1253-1265. https://doi.org/10.1007/s00606-016-1330-6.
  17. Veldkamp JF. 1967. A revision of Sarcotheca Bl. and Dapania Korth. (Oxalidaceae). Blumea: Journal of Plant Taxonomy and Plant Geography 20: 519–543.
  18. Veldkamp JF. 1971. Oxalidaceae, in: van Steenis CGGJ. (Ed.), Flora Malesiana Series I Vol 7. Noordhoff-Kolff, Jakarta, pp. 151–178.
  19. White T, Bruns T, Lee S, Taylor J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis M, Gelfand D, Sninsky J, White T (Eds.), PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press, San Diego, pp. 315–322.
  20. Yulita KS. 2011. Variasi dan kekerabatan genetik pada dua jenis baru belimbing (Averrhoa leucopetala Rugayah et Sunarti sp nov dan A. dolichorpa Rugayah et Sunarti sp nov., Oxalidaceae) berdasarkan profil Random Amplified Polymorphic DNA. Jurnal Biologi Indonesia 7(2): 321–330.

Artikel paling banyak dibaca berdasarkan penulis yang sama

1 2 > >>